Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Trakya Üniversitesi Bünyesinde 2547 sayılı Yüksek Öğretim Kanunun 19. maddesi gereğince kurulan üç enstitüden biridir. Enstitümüz ilk olarak 1987-1988 Eğitim-Öğretim yılı bahar yarıyılında yüksek lisans, 1990-1991 Eğitim-Öğretim yılı güz yarıyılında da doktora öğrencisi almaya başlamıştır. Enstitümüz, eğitim verdiği öğrencilerin var olan potansiyellerini en üst düzeye çıkartmalarına fırsat verecek biçimde çağdaş, yaratıcı ve evrensel bilime katkı yapan bilim insanları yetiştirmeyi amaçlamıştır. Şu anda Sağlık Bilimleri Enstitümüz bünyesinde farklı alanlarda 28 yüksek lisans ve 17 doktora programı yürütülmektedir. Kapsamlı bir eğitim programı ile eğitimini sürdüren Enstitümüz, Üniversitemizin Tıp Fakültesi ve Sağlık Bilimleri Fakültesinin yanı sıra Eczacılık Fakültesi, Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu'nun da değişik programlarında lisansüstü eğitim vermekte ve bu alanlarda nitelikli çağdaş bilim adamları yetiştirmek için çaba göstermektedir.

Enstitümüz uluslararası alanda diğer üniversiteler ve eğitim kurumları ile bilimsel işbirliği içerisindedir ve Erasmus gibi Avrupa Birliği eğitim programları kapsamında öğrenci ve öğretim elemanı değişim programlarından yararlanılmaktadır.